Neben internationalen Forschungen besteht am Institut für Ur- und Frühgeschichte ein weiterer Schwerpunkt in der Erforschung des regionalen Paläolithikums und Mesolithikumes, Hierzu zählen neben regelmäßigen Ausgrabungen an der Freilandfundstelle Bad Kösen in Sachsen Anhalt seit 2008 auch Geländeuntersuchungen in der Mäanderhöhle (Eiszeitliche Kunst?), in der Sesselfelsgrotte und der Kirchberghöhle bei Schmähingensowie an den Freilandstationen Vornbach (Aurignacien) und Kuffing. Darüber hinaus wird die aktuelle Publikatiensreihe zur Sesselfelsgrotte durch ein DFG-Projekt unter der Leitung von Prof. em. Dr. G. Freund weitergeführt.